A Ordem Franciscana foi a primeira a instalar-se em Goa, obtendo já em 1517 permissão do rei D. Manuel I para construir um convento. A primitiva igreja foi concluída em 1521 mas foi totalmente reedificada a partir de 1661, preservando-se porém um portal em estilo manuelino, incorporado à fachada maneirista da nova igreja. Este portal, em pedra escura, apresenta um perfil trilobado tipicamente manuelino e um remate ladeado por esferas armilares, símbolos de D. Manuel. A fachada é estreita e alta, com duas torres de secção octogonal. Em frente há um grande cruzeiro de granito.
O interior é de uma só nave abobadada, com capelas laterais e transepto, cobertos por estuque e pinturas. O piso da igreja, como outras igrejas de Goa, possui grande quantidade de campas com inscrições e brasões. A capela-mor possui várias pinturas sobre a vida de São Francisco de Assis e um grande retábulo de talha dourada datado de c.1670 com uma imagem de Jesus na cruz abraçando com um braço a São Francisco. Atrás do retábulo, visível por uma abertura deste, encontra-se um tabernáculo esculpido, sustentado por estátuas dos Quatro Evangelistas, que era usado para exibir o Santíssimo Sacramento e o cibório.
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